[NEW] Binla Book | underscore คือ – NATAVIGUIDES

หลักการเขียนสัญลักษณ์การกลายพันธุ์ (variant nomenclature)

การเกิดการกลายพันธุ์ระดับยีนทุกชนิด
จะต้องมีการเขียนระบุความผิดปกติในระดับดีเอ็นเอเสมอ
ส่วนความผิดปกติในระดับอาร์เอ็นเอและโปรตีน ควรจะเขียนระบุเพื่อเป็นข้อมูลเพิ่มเติม

หลักการเขียนสัญลักษณ์การกลายพันธุ์โดยทั่วไป สรุปได้ดังนี้

หลักการเขียนสัญลักษณ์การกลายพันธุ์จะเขียนตามรูปแบบสากลของ
Human Genome Variation Society (HGVS) ฉบับล่าสุดปี 2016 (den Dunnen et al., 2016.
HGVS recommendations for the description of sequence variants-2016 Update.
Hum.Mutat. 37:564-569)
(https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/humu.22981)

รูปแบบการเขียนสัญลักษณ์ mutation ประกอบด้วย 3
ส่วนหลักเรียงตามลำดับ ดังนี้

รูปที่ 1 รูปแบบการเขียนสัญลักษณ์ mutation

1. Reference sequence

การเขียนสัญลักษณ์ mutation จะต้องมีการระบุ reference sequence เสมอ

Reference sequence ที่ใช้จะต้องที่อ้างจาก
National Center for Biotechnology Information (NCBI) หรือ European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) เท่านั้น

ตัวอย่างเช่น

1. Complete genomic reference sequence: NC_# (e.g. NC_000023.10)
2. Genomic reference sequence: NG_# (e.g. NG_012232.1)
3. Locus Reference Genomic: LRG_# (e.g. LRG_199, LRG_199t1)
4. mRNA reference sequence: NM_# (e.g. NM_004006.2)
5. Protein reference sequence: NP_# (e.g. NP_003997.1)

Reference sequence ที่ใช้จะต้องระบุ accession number
และ version number

ตัวอย่างเช่น NG_012232.1
เลข 012232 คือ accession number
และ เลข 1 หลังสุด คือ version number

2. เครื่องหมายโคลอน (colon) “:”

ใช้กั้นระหว่างส่วน Reference sequence และ Description of a variant

3. Description of a variant

เป็นส่วนที่ใช้ระบุรายละเอียดตามชนิดของ mutation

เริ่มต้นด้วยสัญลักษณ์ย่อ (prefix) เพื่อระบุชนิดของ
reference sequence

Prefix

DNA level

g.
genomic reference sequence**

c.
coding DNA reference (cDNA) sequence
(based on a protein coding transcript)**

n.
non-coding DNA reference sequence
(based on a transcript not coding for a protein)

RNA level

r.
RNA reference sequence

Protein level

p.
protein reference sequence

**หมายเหตุ: การเขียนสัญลักษณ์ mutation ระดับดีเอ็นเอควรใช้ genomic reference sequence (g.) และ coding DNA reference sequence (c.) เป็นหลัก

ระบุตำแหน่งที่เกิด mutation ตามชนิดของ reference sequence

Genomic reference sequences ใช้สัญลักษณ์ g.1, g.2, g.3 เป็นต้น
โดยหมายเลข 1,2,3 หมายถึงลำดับนิวคลีโอไทด์ในตำแหน่งที่เกิด mutation ของ
genomic reference sequence

Coding DNA (cDNA) reference sequences

•         – ใช้สัญลักษณ์เริ่มต้นที่ c.1 ซึ่งเป็นตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ A ของ ATG (strat codon) ที่เป็นลำดับเบสของ
  Methionine ซึ่ง
  coding ลำดับแรกเสมอ
•       – ตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ไปทาง 5’ ของส่วน intron ให้เขียนระบุลำดับนิวคลีโอไทด์ตำแหน่งสุดท้ายในส่วน exon
  ทาง 5’UTR (upstream
  exon) ตามด้วยเครื่องหมายบวก (+) และตำแหน่งใน intron เช่น c.87+1, c.87+2, c.87+3
•    – ตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ไปทาง 3’UTR ของส่วน intron ให้เขียนระบุลำดับนิวคลีโอไทด์ตำแหน่งสุดท้ายในส่วน
  exon ทาง 3’UTR
  (downstream exon) ตามด้วยเครื่องหมายลบ (-) และตำแหน่งใน intron เช่น c.88-3, c.88-2, c.88-1

อย่างไรก็ตาม กรณีเขียนสัญลักษณ์ mutation ในส่วน non-coding DNA (intron, 5’UTR, 3’UTR) ในส่วน reference
sequence
ควรระบุเป็น genomic reference sequence (ระบุหมายเลข NG) ด้วยเสมอ เช่น NG_012232.1 (NM_004006.2):c.357+1G>A

RNA reference sequences ใช้สัญลักษณ์ r.1, r.2, r.3 เป็นต้น
โดยหมายเลข 1,2,3 หมายถึงลำดับนิวคลีโอไทด์ในตำแหน่งที่เกิด mutation ของ RNA reference sequence

Protein reference sequences ใช้สัญลักษณ์ p.1, p.2, p.3 เป็นต้น
โดยหมายเลข 1,2,3 หมายถึงลำดับกรดอะมิโนในตำแหน่งที่เกิด mutation ของ protein reference sequence

จะสร้างการเข้ารหัสโดย กำหนด salt string ได้ 2 ตัวอักษร 

จากตัวอักษร “./0-9A-Za-z” 

จุด (.) เครืองหมาย / ตัวเลข 0-9 ตัวอักษรภาษาอังกฤษ ทั้งตัวเล็ก หรือตัวใหญ่

(salt string คือ ข้อความเสริมใช้ผสมเข้าไปสำหรับเข้ารหัส)

ในรูปแบบนี้ ถ้าข้อความที่เข้ารหัส มีความยาวมากกว่า 8

เช่น 123456789 การเข้ารหัสจะตัดเอาเฉพาะ 8 ตัวแรกมาใช้ในการเข้ารหัส

ดังนั้น ถ้าข้อความที่ต้องการเข้ารหัสที่มีความยาวมากๆ ตั้งแต่ 9 ค่าขึ้นไป

ถ้าอักษร 8 ตัวแรกเหมือนกัน จะทำให้ค่าที่ได้จากการเข้ารหัส มีค่าเท่ากัน 

เมื่อใช้ salt เดียวกันด้วย

จะได้ค่าการเข้ารหัสของทั้งสอง มีค่าเท่ากัน คือ

ตัวอักษร 2 ตัวแรกจะเป้นค่า salt ที่เรากำหนด จากตัวอย่างก็คือ dd

ค่าความยาวของข้อความที่ได้จากการเข้ารหัสเท่ากับ 13

จะสร้างการเข้ารหัสโดย กำหนด salt string ได้ 9 ตัวอักษร 

โดยใน salt 9 ตัวประกอบด้วยเครื่องหมาย _ (underscore)

ตามด้วย salt อีก 8 ตัวอักษร

จะได้ค่าการเข้ารหัส

ตัวอักษร 9 ตัวแรกจะเป้นค่า salt 

ความยาวของข้อความที่เข้ารหัสแล้วเท่ากับ 20

จะสร้างการเข้ารหัสโดย กำหนด salt string ได้ 12 ตัวอักษร 

โดยเริ่มต้น salt ด้วย $1$ ด้วย

จะได้ค่าการเข้ารหัส

ตัวอักษร 12 ตัวแรกจะเป้นค่า salt 

ความยาวของข้อความที่เข้ารหัสแล้วเท่ากับ 34

จะสร้างการเข้ารหัสโดย

เริ่มต้นด้วย “$2a$” หรือ ( “$2x$” หรือ “$2y$”  [PHP >=5.3.7])

ต่อด้วยช่วงข้อความตัวเลข 04-31

ต่อด้วยเครื่องหมาย $

และต่อด้วยข้อความ salt อีก 22 ตัว

แยกได้เป็น

จะได้ค่าการเข้ารหัส

ความยาวของข้อความที่เข้ารหัสแล้วเท่ากับ 60

จะสร้างการเข้ารหัสโดย 

เริ่มต้น salt ด้วย “$5$” 

ต่อด้วย rounds=5000$  [5000 ค่าการวนลูปของ hash น้ยอสุด 1000 สูงสุด 999,999,999]

และต่อด้วยข้อความ salt อีก 16 ตัว

แยกได้เป็น

จะได้ค่าการเข้ารหัส

ความยาวของข้อความที่เข้ารหัสแล้วประมาณ 75 ตัวอักษร

จะสร้างการเข้ารหัสโดย 

เริ่มต้น salt ด้วย “$6$” 

ต่อด้วย rounds=5000$  [5000 ค่าการวนลูปของ hash น้ยอสุด 1000 สูงสุด 999,999,999]

และต่อด้วยข้อความ salt อีก 16 ตัว

แยกได้เป็น

จะได้ค่าการเข้ารหัส

ความยาวของข้อความที่เข้ารหัสแล้วประมาณ 118 ตัวอักษร

สมมติเงื่อนไขของเราคือ ใช้ การเข้ารหัสในรูปแบบ  Blowfish

โดยทำการเข้ารหัสรหัสผ่านของผู้ใช้ และบันทึกค่าที่ได้ลงในฐานข้อมูล

รหัสผ่านก่อนบันทึกลงฐานข้อมูลคือ 12345678

salt การเข้ารหัสแบบ Blowfish เท่ากับ $2a$04$123456789123456789123$

การเข้ารหัสก่อนบันทึกลงฐานข้อมูล

เราจะได้ตัวแปร $hashed_password สำหรับบันทึกลงฐานข้อมูล

ในขั้นตอนการตรวจสอบก็สามารถทำได้ดังนี้

$salt = '$2a$04$123456789123456789123$';
$hashed_password = crypt($_POST['input_password'], $salt);

$sql="
SELECT user_id,user_name FROM
user WHERE username='".trim($_POST['input_username'])."' 
AND password='".$hashed_password."'
";